Ο Άγιος Θωμάς είναι ένα από τα εντυπωσιακότερα ορεινά χωριά της Κρήτης. Είναι ένα ιδιαίτερο χωριό με στοιχεία από όλες τις ιστορικές περιόδους, Ισως αυτό να οφείλεται στη Γεωγραφική του θέση και στο πέτρωμα της περιοχής που είναι εύκολα λαξεύσιμο. Εξαιρετικά δείγματα λαξευτής αρχιτεκτονικής μας ταξιδεύουν στα πανάρχαια χρόνια με μινωικά πατητήρια, ρωμαϊκούς τάφους και σπηλαιώδεις ναούς. Αυτά σε συνδυασμό με τους εντυπωσιακούς βράχους, τις φυσικές σπηλιές, τις Βυζαντινές Εκκλησίες και το καταπράσινο περιβάλλον συνθέτουν ένα σκηνικό μοναδικό στην Κρήτη. Πιστεύεται ότι στην περιοχή βρισκόταν η αρχαία ελληνική πόλη Πάννονα, κι έχουν βρεθεί αρκετά ερείπια.